WinZipアプリケーションは128ビットと256ビットキーのAES暗号化をサポートし、WinZipの以前のバージョンで使用されていた従来のZip 2.0暗号化方式よりもはるかに高い暗号セキュリティを提供します。

WinZip 12.0は、カスタマイズ可能なパスワードポリシーを導入し、WinZipで暗号化を使用する際のパスワードの複雑さの要件を設定できるようになりました。パスワードの最小の長さと、文字、数字、および/または文字の必須の混合を設定することは、ユーザー定義のオプションです(Password Policy)。 指定できるオプションは、大文字、小文字、数字、記号です。

WinZipの高度な暗号化(FIPS-197認証)はRijndael暗号アルゴリズムを使用しており、2001年に米国標準技術局(NIST)によって連邦情報処理標準(FIPS)パブリケーション197でAdvanced Encryption Standard (AES)として指定されました。

全体的なセキュリティプロトコルの重要なコンポーネントとして適切に実装された場合、AES は非常に高度な暗号セキュリティを可能にし、しかも高速で効率的な運用を可能にします。

WinZipのAES暗号化は、従来のZip 2.0暗号化と同じように簡単に使用できます：暗号化方法を選択し、パスワードを指定するだけです。

AES暗号化技術に加え、WinZipは暗号化をより使いやすくするために、多くのユーザビリティの向上を提供しています。最も顕著な点は、既存のZipファイルの内容を簡単に暗号化できることです。バージョン14以降をお使いの場合、WinZipはAES暗号化を内蔵したIntelベースのコンピュータを認識し、利用可能なハードウェアサポートを使用して暗号化操作を2～3倍高速化します。